Harry Potter filmlerinin son iki filminde oynamayacağı söylentilerine rağmen, Watson 2007 Mart'ında çekimine başlanan 6. filmde yer aldı. Karar vermekte zorlandığını çünkü 4 yıldır canlandırdığı karakterin hayatı boyunca üzerinde baskın olcağını söylemiş fakat sonunda "Artı yönleri, eksi yönlerinden ağır bastı" diyerek katılmaya karar vermiştir. Serinin altıncı filmi Harry Potter ve Melez Prens 2007 yılında çekimlere başlandı. Daniel Radcliffe ve Rupert Grint gelecekteki filmlerde oynamayı taahhüt etmelerine rağmen Watson geleceği hakkında kararsızdır. 2006 yılında Newsweek dergisine konuşan oyuncu "Daniel ve Rupert emin gibi gözüküyor... Rolümü seviyorum fakat diğer birçok şeyi yapmayı da seviyorum." demiştir.
Emma Alloy.com 'un gelecekte hangi tür bir rolde oynamasını sorduğunda "Shakespeare’in bir oyununda oynamak isterdim. Sahnede olmak isterdim. Denemeyi çok isterim, aslında güzel de şarkı söylerim. Bu yüzden bu yeteneğimi de kullanabileceğim bir filmde rol almak isterdim. Bilmiyorum her şeye açığım!" cevabını vermiştir.